穆斯林們今日手中所拿的《古蘭經》與學者們所知的《古蘭經》最早期手稿是不同的文本。《古蘭經》的書面抄本或muṣḥaf甚至在其第一世紀就經歷了戲劇性的改變。 以前，穆斯林們經常作出宣稱說今日的《古蘭經》與它當初被寫下時是一模一樣的。 然而，穆斯林們在多大程度上按手稿證據來衡量此宣稱呢？

《古蘭經》的“原著”據知並不存在。今日學術型學者們所知的《古蘭經》最早期的手稿本身是抄本。 若哈里發奧斯曼分發《古蘭經》抄本給阿拉伯帝國諸城的聖訓故事屬實，那麼根據學者們，這些“地區性抄本”沒有一個存留到今日。 縱然穆斯林們時常宣稱說《古蘭經》的存在可追溯到奧斯曼的年代，史學家們卻對任何的這些手稿無法信服，“其中有些顯示出拙劣仿造的跡象”。 學者們解釋說，即使發現一個或更多這些抄本，就親筆文本形式的嚴格意義而言它仍不會是“原著”。 若該聖訓故事屬實，這也意味著不可能藉著文本批判學來“恢復”原著，因為根據該故事，奧斯曼自己主動銷毀所有對立的“權威性文本形式”。

最通曉《古蘭經》文本史的學術型學者們寫道，完全標點和母音化的文本用了大約300年來發展。 《古蘭經》最早期手稿的阿拉伯文字是不全和“殘缺”的，少了長母音和短母音，也極罕見地 – 以及不一致地 – 提供變音點號來區別有相同基本形狀的輔音。 阿拉伯語拼寫法用了超過兩個世紀來發展。伊曆4世紀時伊本 • 穆賈希德（卒於936年）將輔音性文本能被母音化的方法限為七種，縱然可行的方法還有許多。 受認可的讀法從七種增加到較後的十四種。開羅的愛資哈爾教長們（shaykhs）只從那十四種讀法當中選出一種，作為今日大多數穆斯林使用的《古蘭經》文本的基準。

今日大多數穆斯林所使用的全標點和母音化之《古蘭經》，因此與當初所寫下的文本不同。它其實是最早期手稿的一個編輯版本，為了保存一種特定讀法而標點和母音化。

親愛的穆斯林朋友，本章中所報導的學術論文不是寫來冒犯你的。這些不過是事實，就如世上一些最好學者所描述的那樣。 提出關於《古蘭經》手稿的這些嚴肅問題，卻是要幫助我們就《聖經》和《古蘭經》的內容對話。只要把《聖經》描述成滿有疑問 – 如《論證真理》所行的 – 而同時把《古蘭經》呈現作毫無疑問，便會使我們避免閱讀兩經和進入我們需要的理性對話。實際上，《古蘭經》面對了人們就《聖經》手稿所提出的同樣問題。一些問題原來是《古蘭經》所獨有的，如下文所顯示的。直接陳列出事實將兩經放在一個平等的競技場上，並開路使我們能“一起閱讀和論理”。

1. 7世紀的阿拉伯文字

7世紀 即穆斯林相信《古蘭經》文本被確立之時，阿拉伯語的書寫體系仍處於其發展的早期階段。古文書學和拼寫法的學者們將7世紀的阿拉伯文字描述為一種scriptio defectiva。 對於阿拉伯文字的這個描述不是一種道德上的論斷。它是一個術語，以表明該文字本身未足於成熟到能用書寫真正保存阿拉伯語的所有發音。